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===6.4. Mental realism===
===6.4. Réalisme mental===
Since very beginning of quantum mechanics, noncommutativity of operators <math>\widehat{A},\widehat{B} </math> representing observables <math>A,B </math> was considered as the mathematical representation of their incompatibility. In philosophic terms, this situation is treated as impossibility of the realistic description. In cognitive science, this means that there exist mental states such that an individual cannot assign the definite values to both observables (e.g., questions). The mathematical description of QOE with observables represented by noncommutative operators (in the von Neumann’s scheme) in Wang and Busemeyer (2013) and Wang et al. (2014) made impression that this effect implies rejection of mental realism. The result of Ozawa and Khrennikov (2020a) demonstrates that, in spite of experimentally well documented QOE, the mental realism need not be rejected. QOE can be modeled within the realistic picture mathematically given by the joint probability distribution of observables <math>A </math> and <math>B </math>, but with the noncommutative action of quantum instruments updating the mental state:  
Depuis le tout début de la mécanique quantique, la non-commutativité des opérateurs <math>\widehat{A},\widehat{B} </math> représentant les observables <math>A,B </math> a été considérée comme la représentation mathématique de leur incompatibilité. En termes philosophiques, cette situation est traitée comme l'impossibilité de la description réaliste. En sciences cognitives, cela signifie qu'il existe des états mentaux tels qu'un individu ne peut pas attribuer les valeurs définies aux deux observables (par exemple, des questions). La description mathématique de QOE avec des observables représentées par des opérateurs non commutatifs (dans le schéma de von Neumann) dans Wang et Busemeyer (2013)<ref>Wang Z., Busemeyer J.R. A quantum question order model supported by empirical tests of an a priori and precise prediction. Top. Cogn. Sci., 5 (2013), pp. 689-710</ref> et Wang et al. (2014)<ref>Wang Z., Solloway T., Shiffrin R.M., Busemeyer J.R. Context effects produced by question orders reveal quantum nature of human judgments. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111 (2014), pp. 9431-9436</ref> ont laissé entendre que cet effet implique le rejet du réalisme mental. Le résultat d'Ozawa et Khrennikov (2020a) <ref>Ozawa M., Khrennikov A. Application of theory of quantum instruments to psychology: Combination of question order effect with response replicability effect. Entropy, 22 (1) (2020), pp. 37.1-9436</ref>démontre que, malgré un QOE bien documenté expérimentalement, le réalisme mental n'a pas besoin d'être rejeté. Le QOE peut être modélisé dans l'image réaliste donnée mathématiquement par la distribution de probabilité conjointe des observables <math>A </math> et <math>B </math>, mais avec l'action non commutative des instruments quantiques mettant à jour l'état mental :


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This is the good place to remark that if, for some state <math>\rho,[\Im_A(x),\Im_B(x)]\rho=0 </math>, then QOE disappears, even if <math>[\Im_A(x),\Im_B(x)]\neq0 </math>. This can be considered as the right formulation of Wang–Bussemeyer statement on connection of QOE with noncommutativity. Instead of noncommutativity of operators  <math>\widehat{A} </math> and  <math>\widehat{B} </math> symbolically representing quantum obseravbles, one has to speak about noncommutativity of corresponding quantum instruments.
C'est le bon endroit pour remarquer que si, pour un état <math>\rho,[\Im_A(x),\Im_B(x)]\rho=0 </math>, alors QOE disparaît, même si <math>[\Im_A(x),\Im_B(x)]\neq0 </math>. Cela peut être considéré comme la bonne formulation de la déclaration de Wang – Bussemeyer sur la connexion de QOE avec la non-commutativité. Au lieu de la non-commutativité des opérateurs  <math>\widehat{A} </math> et  <math>\widehat{B} </math> représentant symboliquement des observables quantiques, il faut parler de non-commutativité des instruments quantiques correspondants.


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==7. Genetics: interference in glucose/lactose metabolism==
==7. Génétique : interférence dans le métabolisme du glucose/lactose==
In paper (Asano et al., 2012a), there was developed a quantum-like model describing the gene regulation of glucose/lactose metabolism in Escherichia coli bacterium.11 There are several types of E. coli characterized by the metabolic system. It was demonstrated that the concrete type of E. coli can be described by the well determined linear operators; we find the invariant operator quantities characterizing each type. Such invariant operator quantities can be calculated from the obtained statistical data. So, the quantum-like representation was reconstructed from experimental data.
Dans un article (Asano et al., 2012a<ref name=":0">Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., I Yamato quantum-like model for the adaptive dynamics of the genetic regulation of e. coli’s metabolism of glucose/lactose. Syst. Synth. Biol., 6 (2012), pp. 1-7</ref>), un modèle de type quantique a été développé décrivant la régulation génique du métabolisme du glucose/lactose dans la bactérie Escherichia coli.11 Il existe plusieurs types d'E. coli caractérisés par le système métabolique. Il a été démontré que le type concret d'E. coli peut être décrit par les opérateurs linéaires bien déterminés ; on trouve les quantités d'opérateurs invariants caractérisant chaque type. De telles quantités d'opérateurs invariants peuvent être calculées à partir des données statistiques obtenues. Ainsi, la représentation de type quantique a été reconstruite à partir de données expérimentales.


Let us consider an event system <math>\{Q_+,Q_-\}:Q_+</math> means the event that E. coli activates its lactose operon, that is, the event that -galactosidase is produced through the transcription of mRNA from a gene in lactose operon; <math>Q_-</math>means the event that E. coli does not activates its lactose operon.


This system of events corresponds to activation observable  that is mathematically represented by a quantum instrument <math>\Im_Q</math>. Consider now another system of events <math>\{D_L,D_G\}</math> where <math>D_L</math> means the event that an E. coli bacterium detects a lactose molecular in cell’s surrounding environment,  means <math>D_G</math> detection of a glucose molecular. This system of events corresponds to detection observable <math>D</math> that is represented by a quantum instrument <math>\Im_D</math>.  
Considérons qu'un système d'événements <math>\{Q_+,Q_-\}:Q_+</math> signifie l'événement où E. coli active son opéron lactose, c'est-à-dire l'événement où la -galactosidase est produite par la transcription de l'ARNm d'un gène dans l'opéron lactose ; 0 signifie l'événement où E. coli n'active pas son opéron lactose.


In this model, bacterium’s interaction–reaction with glucose/lactose environment is described as sequential action of two quantum instruments, first detection and then activation. As was shown in Asano et al. (2012a), for each concrete type of E. coli bacterium, these quantum instruments can be reconstructed from the experimental data; in Asano et al. (2012a), reconstruction was performed for W3110-type of E. coli bacterium. The classical FTP with observables  <math>A=D</math> and <math>B=Q</math> is violated, the interference term, see (2), was calculated (Asano et al., 2012a).
Ce système d'événements correspond à l'activation observable qui est représentée mathématiquement par un instrument quantique <math>\Im_Q</math>. Considérons maintenant un autre système d'événements <math>\{D_L,D_G\}</math> où <math>D_L</math> signifie l'événement qu'une bactérie E. coli détecte une molécule de lactose dans l'environnement environnant de la cellule, signifie <math>D_G</math> détection d'un glucose moléculaire. Ce système d'événements correspond à la détection observable <math>D</math> qui est représentée par un instrument quantique <math>\Im_D</math>.
 
 
Dans ce modèle, l'interaction-réaction de la bactérie avec l'environnement glucose/lactose est décrite comme l'action séquentielle de deux instruments quantiques, d'abord la détection puis l'activation. Comme cela a été montré dans Asano et al. (2012a),<ref name=":0" /> pour chaque type concret de bactérie E. coli, ces instruments quantiques peuvent être reconstruits à partir des données expérimentales ; dans Asano et al. (2012a),<ref name=":0" /><ref name=":0" /> la reconstruction a été réalisée pour la bactérie E. coli de type W3110. La FTP classique avec les observables <math>A=D</math> et <math>B=Q</math> est violée, le terme d'interférence, voir (2), a été calculé (Asano et al., 2012a).<ref name=":0" />
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