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===8.2. Biological functions in the quantum Markov framework===
===8.2. Funciones biológicas en el marco cuántico de Markov===
We turn to the open system dynamics with the GKSL-equation. In our modeling, Hamiltonian  <math>\widehat{\mathcal{H}}</math> and Lindbladian  <math>\widehat{{L}}</math> represent some special ''biological function'' <math>F</math> (see Khrennikov et al., 2018)<ref>Khrennikov A., Basieva I., PothosE.M., Yamato I.
Pasamos a la dinámica de sistemas abiertos con la ecuación GKSL. En nuestro modelo, hamiltoniano <math>\widehat{\mathcal{H}}</math> y Lindbladian <math>\widehat{{L}}</math> representan alguna función biológica especial <math>F</math> (ver Khrennikov et al., 2018)<ref>Khrennikov A., Basieva I., PothosE.M., Yamato I.


Quantum Probability in Decision Making from Quantum Information Representation of Neuronal States, Sci. Rep., 8 (2018), Article 16225</ref> for details. Its functioning results from interaction of internal and external information flows. In Sections 10, 11.3,  <math>F</math> is some ''psychological function''; in the simplest case <math>F</math> represents a question asked to  <math>S</math> (say  is a human being). In Section 7, <math>F</math>  is the ''gene regulation'' of glucose/lactose metabolism in Escherichia coli bacterium. In Sections 9, 11.2,  <math>F</math> represents the process of ''epigenetic mutation''. Symbolically biological function <math>F</math> is represented as a quantum observable: Hermitian operator  <math>\widehat{F}</math> with the spectral decomposition <math>\widehat{F}=\sum_xx\widehat{E}^F(x)</math>, where <math>x</math> labels outputs of <math>F</math>. Theory of quantum Markov state-dynamics describes the process of generation of these outputs.
Quantum Probability in Decision Making from Quantum Information Representation of Neuronal States, Sci. Rep., 8 (2018), Article 16225</ref>para detalles. Su funcionamiento resulta de la interacción de flujos de información internos y externos. En las Secciones 10, 11.3, <math>F</math> es alguna función psicológica; en el caso más simple <math>F</math> representa una pregunta hecha a  <math>S</math> (digamos que es un ser humano). En la Sección 7, <math>F</math>  es la regulación génica del metabolismo de la glucosa/lactosa en la bacteria Escherichia coli. En las Secciones 9, 11.2,  <math>F</math> representa el proceso de mutación epigenética. Función simbólicamente biológica <math>F</math> se representa como un observable cuántico: operador hermitiano <math>\widehat{F}</math>con la descomposición espectral <math>\widehat{F}=\sum_xx\widehat{E}^F(x)</math>,dónde <math>x</math> etiqueta las salidas de <math>F</math>.La teoría de la dinámica de estado cuántica de Markov describe el proceso de generación de estos resultados.


In the mathematical model (Asano et al., 2015b,<ref>Asano M., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.
En el modelo matemático (Asano et al., 2015b<ref>Asano M., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.


Quantum Adaptivity in Biology: From Genetics To Cognition
Quantum Adaptivity in Biology: From Genetics To Cognition


Springer, Heidelberg-Berlin-New York(2015)</ref> Asano et al., 2017b,<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Yamato I.
Springer, Heidelberg-Berlin-New York(2015)</ref>, Asano et al., 2017b<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Yamato I.


A model of differentiation in quantum bioinformatics
A model of differentiation in quantum bioinformatics


Prog. Biophys. Mol. Biol., 130 (Part A)(2017), pp. 88-98</ref> Asano et al., 2017a,<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y.
Prog. Biophys. Mol. Biol., 130 (Part A)(2017), pp. 88-98</ref>, Asano et al., 2017a<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y.


A quantum-like model of selection behavior
A quantum-like model of selection behavior


J. Math. Psychol., 78 (2017), pp. 2-12</ref> Asano et al., 2015a,<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.
J. Math. Psychol., 78 (2017), pp. 2-12</ref>, Asano et al., 2015a<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.


Quantum information biology: from information interpretation of quantum mechanics to applications in molecular biology and cognitive psychology. Found. Phys., 45 (10) (2015), pp. 1362-1378</ref> Asano et al., 2012b,<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.
Quantum information biology: from information interpretation of quantum mechanics to applications in molecular biology and cognitive psychology. Found. Phys., 45 (10) (2015), pp. 1362-1378</ref>, Asano et al., 2012b<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I.


Towards modeling of epigenetic evolution with the aid of theory of open quantum systems
Towards modeling of epigenetic evolution with the aid of theory of open quantum systems


AIP Conf. Proc., 1508 (2012), p. 75</ref> Asano et al., 2011,<ref>Asano M., Ohya M., Tanaka Y., BasievaI., Khrennikov A.
AIP Conf. Proc., 1508 (2012), p. 75</ref>, Asano et al., 2011<ref>Asano M., Ohya M., Tanaka Y., BasievaI., Khrennikov A.


Quantum-like model of brain’s functioning: decision making from decoherence
Quantum-like model of brain’s functioning: decision making from decoherence


J. Theor. Biol., 281 (1) (2011), pp. 56-64</ref> Asano et al., 2012a<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., I
J. Theor. Biol., 281 (1) (2011), pp. 56-64</ref>, Asano et al. ., 2012a<ref>Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., I


Yamato quantum-like model for the adaptive dynamics of the genetic regulation of e. coli’s metabolism of glucose/lactose
Yamato quantum-like model for the adaptive dynamics of the genetic regulation of e. coli’s metabolism of glucose/lactose


Syst. Synth. Biol., 6 (2012), pp. 1-7</ref>), the outputs of biological function <math>F</math>  are generated via approaching a ''steady state'' of the GKSL-dynamics:  
Syst. Synth. Biol., 6 (2012), pp. 1-7</ref>), los resultados de la función biológica <math>F</math> se generan acercándose a un estado estable de la dinámica GKSL:  


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such that it matches the spectral decomposition of <math>\widehat{F}</math>, i.e.,   
tal que coincide con la descomposición espectral de <math>\widehat{F}</math>,es decir.,   


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where
dónde


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This means that <math>\widehat{\rho}_{steady}</math> is diagonal in an orthonormal basis consisting of eigenvectors of <math>\widehat{F}</math>. This state, or more precisely, this decomposition of density operator <math>\widehat{\rho}_{steady}</math>, is the classical statistical mixture of the basic information states determining this biological function. The probabilities in state’s decomposition (26) are interpreted statistically.
Esto significa que  <math>\widehat{\rho}_{steady}</math>es diagonal en una base ortonormal que consta de vectores propios de <math>\widehat{F}</math>. Este estado, o más precisamente, esta descomposición del operador de densidad <math>\widehat{\rho}_{steady}</math>,es la mezcla estadística clásica de los estados básicos de información que determinan esta función biológica. Las probabilidades en la descomposición de estados (26) se interpretan estadísticamente.


Consider a large ensemble of biosystems with the state <math>\widehat{\rho}_0</math> interacting with environment <math>\varepsilon</math>. (We recall that mathematically the interaction is encoded in the Lindbladian <math>\widehat{{L}}</math>) Resulting from this interaction, biological function <math>F</math> produces output <math>x</math> with probability <math>p_x</math>. We remark that in the operator terms the probability is expressed as <math>p_x=Tr\widehat{\rho}_{steady}\widehat{E}^F(x)</math>
Considere un gran conjunto de biosistemas con el estado <math>\widehat{\rho}_0</math> interactuando con el medio ambiente <math>\varepsilon</math>. (Recordemos que matemáticamente la interacción está codificada en el Lindbladian <math>\widehat{{L}}</math>) Como resultado de esta interacción, la función biológica <math>F</math> produce salida <math>x</math> con probabilidad <math>p_x</math>.Observamos que en los términos del operador la probabilidad se expresa como <math>p_x=Tr\widehat{\rho}_{steady}\widehat{E}^F(x)</math>


This interpretation can be applied even to a single biosystem that meets the same environment many times.
Esta interpretación se puede aplicar incluso a un solo biosistema que se encuentra con el mismo entorno muchas veces.


It should be noted that limiting state  <math>\widehat{\rho}_{steady}</math> expresses the stability with respect to the influence of concrete environment <math>\varepsilon</math>. Of course, in the real world the limit-state would be never approached. The mathematical formula (25) describes the process of stabilization, damping of fluctuations. But, they would be never disappear completely with time.
Cabe señalar que el estado límite <math>\widehat{\rho}_{steady}</math> expresa la estabilidad con respecto a la influencia del entorno concreto <math>\varepsilon</math>.Por supuesto, en el mundo real nunca se alcanzaría el estado límite. La fórmula matemática (25) describe el proceso de estabilización, amortiguación de fluctuaciones. Pero, nunca desaparecerían por completo con el tiempo.


We note that a steady state satisfies the stationary GKSL-equation:  
Observamos que un estado estacionario satisface la ecuación GKSL estacionaria:  


{| width="80%" |
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It is also important to point that generally a steady state of the quantum master equation is not unique, it depends on the class of initial conditions.
También es importante señalar que, en general, un estado estacionario de la ecuación maestra cuántica no es único, depende de la clase de condiciones iniciales.

Latest revision as of 09:18, 30 April 2023

8.2. Funciones biológicas en el marco cuántico de Markov

Pasamos a la dinámica de sistemas abiertos con la ecuación GKSL. En nuestro modelo, hamiltoniano  y Lindbladian  representan alguna función biológica especial  (ver Khrennikov et al., 2018)[1]para detalles. Su funcionamiento resulta de la interacción de flujos de información internos y externos. En las Secciones 10, 11.3,  es alguna función psicológica; en el caso más simple representa una pregunta hecha a   (digamos que es un ser humano). En la Sección 7,   es la regulación génica del metabolismo de la glucosa/lactosa en la bacteria Escherichia coli. En las Secciones 9, 11.2,   representa el proceso de mutación epigenética. Función simbólicamente biológica se representa como un observable cuántico: operador hermitiano con la descomposición espectral ,dónde etiqueta las salidas de .La teoría de la dinámica de estado cuántica de Markov describe el proceso de generación de estos resultados.

En el modelo matemático (Asano et al., 2015b[2], Asano et al., 2017b[3], Asano et al., 2017a[4], Asano et al., 2015a[5], Asano et al., 2012b[6], Asano et al., 2011[7], Asano et al. ., 2012a[8]), los resultados de la función biológica se generan acercándose a un estado estable de la dinámica GKSL:

 

tal que coincide con la descomposición espectral de ,es decir.,

 

dónde

 

Esto significa que es diagonal en una base ortonormal que consta de vectores propios de . Este estado, o más precisamente, esta descomposición del operador de densidad ,es la mezcla estadística clásica de los estados básicos de información que determinan esta función biológica. Las probabilidades en la descomposición de estados (26) se interpretan estadísticamente.

Considere un gran conjunto de biosistemas con el estado  interactuando con el medio ambiente . (Recordemos que matemáticamente la interacción está codificada en el Lindbladian ) Como resultado de esta interacción, la función biológica produce salida  con probabilidad .Observamos que en los términos del operador la probabilidad se expresa como

Esta interpretación se puede aplicar incluso a un solo biosistema que se encuentra con el mismo entorno muchas veces.

Cabe señalar que el estado límite  expresa la estabilidad con respecto a la influencia del entorno concreto .Por supuesto, en el mundo real nunca se alcanzaría el estado límite. La fórmula matemática (25) describe el proceso de estabilización, amortiguación de fluctuaciones. Pero, nunca desaparecerían por completo con el tiempo.

Observamos que un estado estacionario satisface la ecuación GKSL estacionaria:

 

También es importante señalar que, en general, un estado estacionario de la ecuación maestra cuántica no es único, depende de la clase de condiciones iniciales.

  1. Khrennikov A., Basieva I., PothosE.M., Yamato I. Quantum Probability in Decision Making from Quantum Information Representation of Neuronal States, Sci. Rep., 8 (2018), Article 16225
  2. Asano M., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I. Quantum Adaptivity in Biology: From Genetics To Cognition Springer, Heidelberg-Berlin-New York(2015)
  3. Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Yamato I. A model of differentiation in quantum bioinformatics Prog. Biophys. Mol. Biol., 130 (Part A)(2017), pp. 88-98
  4. Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y. A quantum-like model of selection behavior J. Math. Psychol., 78 (2017), pp. 2-12
  5. Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I. Quantum information biology: from information interpretation of quantum mechanics to applications in molecular biology and cognitive psychology. Found. Phys., 45 (10) (2015), pp. 1362-1378
  6. Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., Yamato I. Towards modeling of epigenetic evolution with the aid of theory of open quantum systems AIP Conf. Proc., 1508 (2012), p. 75
  7. Asano M., Ohya M., Tanaka Y., BasievaI., Khrennikov A. Quantum-like model of brain’s functioning: decision making from decoherence J. Theor. Biol., 281 (1) (2011), pp. 56-64
  8. Asano M., Basieva I., Khrennikov A., Ohya M., Tanaka Y., I Yamato quantum-like model for the adaptive dynamics of the genetic regulation of e. coli’s metabolism of glucose/lactose Syst. Synth. Biol., 6 (2012), pp. 1-7